Para a realização das suas actividades, a ARA-Norte conta com a unidade Gestão da Bacia do Rovuma (UGBR) criada em Outubro de 2007 com sede na cidade de Lichinga-Niassa e Unidade de Gestão das Bacias de Montepuez e Messalo (UGBMM) estabelecido em Outubro de 2010, localizada no Município de Montepuez. Futuramente, será estabelecida a Unidade de Gestão das Bacias Costeiras (UGBC), em Mocímboa da Praia.